La protection de l'habitat et les restrictions de la chasse ont permis à l'effectif des pronghorns de retrouver une population estimée entre 500 000 et 1 000 000 (sauf celle du Sonora, qui ne compte plus que 200 individus).

Au-delà du petit poisson, trois autres espèces en voie de disparition ont élu domicile chez Organ Pipe, notamment le pronghorn de Sonora, la chauve-souris à long nez et le minuscule cactus Acuña.

Le mur pourrait menacé des douzaines d'espèces en danger ou menacées dont le jaguar, le loup du Mexique, l'ocelot, le Sonoran pronghorn, la chouette tachetée du Mexique, le damier Quino et le gobemoucheron de Californie.